Na początku lat dziewięćdziesiątych zawiązała się grupa ludzi, którzy współpracowali przy organizacji różnych imprez w Międzynarodowym Centrum Żeglarstwa i Turystyki Wodnej. Po kilku latach postanowili sformalizować swoją działalność i w dniu 11 kwietnia 1997r. złożyli w Sądzie Wojewódzkim Wydział I Cywilny w Suwałkach wniosek o rejestrację stowarzyszenia. Stowarzyszenie Mazurska Szkoła Żeglarstwa zostało zarejestrowane w Rejestrze Stowarzyszeń i Związków Sportowych w dniu 17 czerwca 1997r. Od chwili rejestracji Stowarzyszenie jest głównym organizatorem lub współorganizatorem różnych imprez (regaty, rejsy, obozy, kursy, warsztaty, konferencje itp.), w tym wielu dla środowiska osób niepełnosprawnych. W swojej działalności Stowarzyszenie korzysta z bazy i sprzętu Międzynarodowego Centrum Żeglarstwa i Turystyki Wodnej i ściśle współpracuje z Polskim Związkiem Żeglarzy Niepełnosprawnych.